Η Δρ. Ελένη A. Θανοπούλου είναι Αναπληρώτρια Πρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και Διασφάλισης Ποιότητας του Πανεπιστημίου Αιγαίου και Καθηγήτρια στη Λειτουργική Διοίκηση Ναυτιλιακών Επιχειρήσεων στο Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών του οποίου διετέλεσε και Πρόεδρος.
Σπούδασε Οικονομικά στο Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και συνέχισε με μεταπτυχιακές σπουδές στην Οικονομική της Ανάπτυξης στο Παρίσι (D.E.A, University of Paris I, Panthéon-Sorbonne).
Είναι κάτοχος Διδακτορικού Διπλώματος στις Ναυτιλιακές Σπουδές από το Πανεπιστήμιο Πειραιώς όπου και δίδαξε για δύο χρόνια στη δεκαετία του '90.
Στη συνέχεια υπηρέτησε στο Cardiff University σαν Lecturer και Senior Lecturer, διατελώντας εκεί και Director μεταπτυχιακών ναυτιλιακών προγραμμάτων.
Επέστρεψε στην Ελλάδα μετά την εκλογή της στο Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών της Χίου.
Έχει δημοσιεύσει εκτεταμένα - σε άρθρα, βιβλία και συλλογικούς τόμους - πάνω σε θέματα ναυτιλιακών κρίσεων, ανταγωνιστικότητας της ελληνικής και διεθνούς ναυτιλίας, ναυτιλιακών συμμαχιών, επιλογής λιμένων, ποιοτικής ναυτιλίας, ναυτιλιακής καινοτομίας κλπ.
'Εχει επίσης διατελέσει Chair of Academic Assembly του Cardiff University, εκλεγμένο μέλος του διεθνούς συμβουλίου του ΙΑΜΕ (International Association of Maritime Economists), Guest Editor, μέλος Editorial Boards επιστημονικών εκδόσεων όπως και κριτής πολλών διεθνών ακαδημαϊκών περιοδικών.
Έχει διδάξει σαν επισκέπτρια και διδάσκει τακτικά σαν προσκεκλημένη σε πανεπιστήμια στην Ευρώπη και την Ασία, έχοντας διατελέσει επίσης εξωτερική αξιολογήτρια μεταπτυχιακών και ερευνητικών προγραμμάτων ευρωπαϊκών χωρών.